A Associação Japonesa de Santos é uma entidade civil sem fins lucrativos, que tem como objetivo promover a integração da comunidade nipo-brasileira, a preservação e divulgação da cultura japonesa, e o ensino da língua japonesa.
Com mais de seis décadas de existência, a história da entidade se mistura com a história da imigração japonesa no Brasil. O navio Kasato Maru trouxe os primeiros imigrantes ao Porto de Santos em 18 de junho de 1908, dando início à saga centenária. Muitos deles seguiram para o interior do Estado de São Paulo para trabalhar nas lavouras de café. Entretanto, várias famílias se fixaram na cidade.
A Associação Japonesa de Santos é sucessora da antiga Sociedade Japonesa de Santos, cujos primeiros registros datam de 1929 em uma escola mantida para ajudar no ensino dos descendentes de imigrantes. A escola e a antiga entidade funcionavam em um casarão adquirido com o apoio do governo japonês na Rua Paraná, 129, no bairro Vila Mathias.
No início da década de 1940, a eclosão da Segunda Guerra Mundial e as medidas nacionalistas do Estado Novo fizeram com que a Sociedade Japonesa de Santos mudasse seu nome para Sociedade Instrutiva Vila Mathias, para evitar prejuízos ao processo educacional da escola da comunidade nipônica.
O Brasil ingressou na Segunda Guerra Mundial junto aos grupo de países Aliados, que eram adversários do bloco do Eixo, o qual o Japão fez parte. Por conta disso, a comunidade japonesa sofreu duros impactos, como discriminações e restrições em território nacional. Uma das medidas foi uma ordem da Superintendência da Ordem Política e Social de 1943, que obrigou os japoneses e outros imigrantes das nações do Eixo a deixar a cidade – considerada área de segurança nacional – em um período de 24 horas. As atividades culturais e educacionais da entidade foram suspensas.
Após o fim da guerra e com uma minúscula quantidade de imigrantes japoneses em Santos, um decreto federal (9.727, de 03/09/1946) dissolveu as sociedades civis de imigrantes dos países do Eixo e transferiu o patrimônio destas entidades ao Governo Federal. Com isso, a Sociedade Japonesa de Santos foi dissolvida, e o casarão onde funcionava a escola na Rua Paraná foi incorporado ao patrimônio do governo brasileiro.